２００９ドラフト
２位以降・指名順
| 指名 順位 |
通算 順位 |
チーム | 選手名 | ポジション | 所属 |
| ２ | １３ | オリックス | 比嘉幹貴 | 投手 | 日立製作所 |
| １４ | 横浜 | 加賀 繁 | 投手 | 住友金属鹿島 | |
| １５ | 千葉ロッテ | 大谷智久 | 投手 | トヨタ自動車 | |
| １６ | 広島東洋 | 堂林翔太 | 内野手 | 中京大中京 | |
| １７ | 埼玉西武 | 美沢 将 | 内野手 | 第一工大 | |
| １８ | 阪神 | 藤原正典 | 投手 | 立命大 | |
| １９ | ソフトバンク | 川原弘之 | 投手 | 福岡大大濠 | |
| ２０ | 東京ヤクルト | 山本哲哉 | 投手 | 三菱重工神戸 | |
| ２１ | 楽天 | 戸村健次 | 投手 | 立命館大 | |
| ２２ | 中日 | 小川龍也 | 投手 | 千葉英和 | |
| ２３ | 日本ハム | 中村 勝 | 投手 | 春日部共栄 | |
| ２４ | 巨人 | 鬼屋敷正人 | 捕手 | 近大高専 | |
| ３ | ２５ | 巨人 | 土本恭平 | 投手 | JR東海 |
| ２６ | 日本ハム | 大塚 豊 | 投手 | 創価大 | |
| ２７ | 中日 | 中田亮二 | 内野手 | 亜細亜大 | |
| ２８ | 楽天 | 小関翔太 | 投手 | 東筑紫学園 | |
| ２９ | 東京ヤクルト | 荒木貴裕 | 内野手 | 近畿大 | |
| ３０ | ソフトバンク | 下沖勇樹 | 投手 | 光星学院 | |
| ３１ | 阪神 | 甲斐雄平 | 外野手 | 福岡大 | |
| ３２ | 埼玉西武 | 岩尾利弘 | 投手 | 別府大 | |
| ３３ | 広島東洋 | 武内久士 | 投手 | 法政大 | |
| ３４ | 千葉ロッテ | 大嶺翔太 | 内野手 | 八重山商工 | |
| ３５ | 横浜 | 安斉雄虎 | 投手 | 向上 | |
| ３６ | オリックス | 山田修義 | 投手 | 敦賀気比 | |
| ４ | ３７ | オリックス | 前田祐二 | 投手 | BCリーグ福井 |
| ３８ | 横浜 | 真下貴之 | 投手 | 東海大望洋 | |
| ３９ | 千葉ロッテ | 清田育宏 | 外野手 | NTT東日本 | |
| ４０ | 広島東洋 | 庄司隼人 | 内野手 | 常葉学園橘 | |
| ４１ | 埼玉西武 | 石川 貢 | 外野手 | 東邦 | |
| ４２ | 阪神 | 秋山拓巳 | 投手 | 西条 | |
| ４３ | ソフトバンク | 中原恵司 | 外野手 | 亜細亜大 | |
| ４４ | 東京ヤクルト | 平井 諒 | 投手 | 帝京五 | |
| ４５ | 楽天 | 高堀和也 | 投手 | 三菱自動車岡崎 | |
| ４６ | 中日 | 松井佑介 | 外野手 | 東京農大 | |
| ４７ | 日本ハム | 運天 | 投手 | 浦添工 | |
| ４８ | 巨人 | 市川友也 | 捕手 | 鷺宮製作所 | |
| ５ | ４９ | 巨人 | 小野淳平 | 投手 | 日本文理大 |
| ５０ | 日本ハム | 増井浩俊 | 投手 | 東芝 | |
| ５１ | 中日 | 大島洋平 | 外野手 | 日本生命 | |
| ５２ | 楽天 | 土屋朋弘 | 投手 | シティライト岡山 | |
| ５３ | 東京ヤクルト | 松井 淳 | 外野手 | 日大国際関係 | |
| ５４ | ソフトバンク | 豊福晃司 | 内野手 | 鳥栖 | |
| ５５ | 阪神 | 藤川俊介 | 外野手 | 近畿大 | |
| ５６ | 埼玉西武 | 松下健太 | 投手 | 早稲田大 | |
| ５７ | 広島東洋 | 伊東昴大 | 投手 | 盛岡大付属 | |
| ５８ | 横浜 | 福田岳洋 | 投手 | 九州四国IL香川 | |
| ５９ | オリックス | 阿南 徹 | 投手 | 日本通運 | |
| ６ | ６０ | 広島東洋 | 川口盛外 | 投手 | 王子製紙 |
| ６１ | 埼玉西武 | 岡本洋介 | 投手 | ヤマハ | |
| ６２ | 阪神 | 原口文仁 | 捕手 | 帝京 | |
| ６３ | 中日 | 諏訪部貴大 | 投手 | ホンダ | |
| ６４ | 日本ハム | 荒張裕司 | 捕手 | 四国九州IL徳島 | |
| ７ | ６５ | 中日 | 松井雅人 | 捕手 | 上武大 |
| ８ | ６６ | 中日 | 吉田利一 | 捕手 | 奈良産大 |